SQLiteを操作できるフリーソフト「PupSQLite」
http://www.forest.impress.co.jp/article/2008/09/04/pupsqlite.html
使ってみました。可もなく不可もなく、といったところです。
レジストリを使っておらず、.exe単体で動くシンプルなところがいいですね。あと完全日本語対応しているところもポイント(日本人が作ってるので当たり前)
自分は既にFireFoxアドオンのSQLite Managerを使ってるのですが、機能的にはほぼ同等なので、そちらから乗り換えようと思うほどの魅力は感じられませんでした。
今後どうなるのかわかりませんが、バージョンアップされるようならまた使ってみたいと思います。